Real Time PCR 实验步骤

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一、实验器材及试剂

1、实验器材

名称

厂家

型号

医用离心机

湖南凯达科学仪器有限公司

TGL-18M

荧光定量PCR仪

ABI

Stepone plus

超净工作台

上海力辰邦西仪器科技有限公司

SW-CJ-1D

电泳仪

北京六一仪器厂

DYY-7C

离心管

Axygen

MCT-150-L-C

TIP头

Axygen

PCR仪

Applied Biosystems

2720 Thermal Cycler

紫外仪

北京六一仪器厂

WD-9403F

优普系列超纯水机

四川优普超纯科技有限公司

UPH-III-20T

冷冻研磨仪

上海净信

JXFSTPRP-CLN

酶标仪

BioTek

SYNERGY LX multi-mode reader

2、主要试剂及货号

名称

厂家

型号

AceQ Universal SYBR qPCR Master Mix

南京诺唯赞生物科技有限公司

Q511-02

HiScript II 1st Strand cDNA Synthesis Kit (+gDNA wiper)

南京诺唯赞生物科技有限公司

R212-02

琼脂糖

擎科生物

TSJ001

无水乙醇

国药集团化学试剂有限公司

10009218

Gold view

北京艾德莱生物科技有限公司

EP0601

Trans2K®Plus II DNA Marker

北京全式金生物技术股份有限

BM121-01

三氯甲烷

国药集团化学试剂有限公司

10006818

异丙醇

国药集团化学试剂有限公司

80109218

TRIpure Reagent

北京艾德莱生物科技有限公司

RN0102

DEPC

上海生工

B600154-0025



二、实验步骤

1、总RNA抽提: 样本前处理。

1.1、组织:取匀浆管,加入1ml的TRIpure Reagent,置冰上预冷。取约20 mg组织,加入到匀浆管中。匀浆仪充分研磨直至无可见组织块。

1.2.贴壁细胞:将培养瓶/板中培养液尽弃,加入1ml 4℃ 预冷的PBS溶液,轻摇洗涤。除去PBS,加入1ml的TRIpure Reagent,轻缓振荡或用枪头吹打,破碎细胞。

1.3.悬浮细胞:3000 rpm,离心10分钟,收集细胞沉淀,加入1ml 4℃ 预冷的PBS溶液重悬细胞,3000 rpm,离心10分钟,收集细胞沉淀,加入1ml的TRIpure Reagent,轻缓振荡或用枪头吹打,破碎细胞。

2. 相分离:加入200 μl三氯甲烷,颠倒充分混匀,静置3min,4℃ 下12000rpm离心10min,将400 μl上清转移到一新的离心管中。TBST清洗切片,浸洗3次,每次5分钟。

3、洗涤RNA:吸除液体,加入1ml 75%乙醇洗涤沉淀。4℃下12000rpm离心5min,将液体吸除干净。

4、溶解RNA:将离心管置于超净台上吹3min,加入30μl DEPC水溶解RNA,55℃ 孵育5min。

5、RNA质量检测:用酶标仪检测RNA浓度及纯度,电泳检测RNA的完整行。

6、反转录

基因组DNA去除

Component

Volume

4 × gDNA wiper Mix

4 μL

Oligo (dT)23VN (50 µM)

1 μL

Random hexamers (50 ng/µl)

1 μL

Total RNA

10 pg-1 μg

RNase free water

Add to 16 μL

用移液器轻轻吹打混匀。42℃ 2 min。

7、配制第一链cDNA合成反应液。

Component

Volume

上一步的混合液

16 μL

10 × RT Mix

2 μL

HiScript II Enzyme Mix

2 μL

8、逆转录程序设置

Temperature

Time

50℃

15min

85℃

2min

9、荧光定量PCR实验步骤

9.1 引物的配制

9.1.1 将引物瞬时离心;

9.1.2 按照说明书加入去离子水,加盖混匀,配成100uM/L的贮存液;

9.1.3 另取一EP管,将上、下游引物稀释为10.0uM/L终浓度的工作液。

10、cDNA的配置:将cDNA从冰箱中取出,加入适量的去离子水,稀释至合适的浓度。

11、反应体系:取0.2ml PCR管,配制如下反应体系,每个反转录产物配制3管。

Component

Volume

AceQ Universal SYBR qPCR Master Mix

10μl

上游引物

0.4uL

下游引物

0.4uL

ddH2O

6.7μl

DNA(适度稀释)

2.5μl

DNA(适度稀释)

2.5μl

总体系  

20μl

12、荧光定量PCR实验步骤:95℃   5min;(95℃   10s ;60℃   30s)40次熔解曲线   60℃→95℃,每15s升温0.3℃

三、结果处理

1、ΔΔCT法:A=CT(目的基因,待测样本)- CT(内标基因,待测样本);B=CT(目的基因,对照样本)- CT(内标基因,对照样本);K=A-B  表达倍数=2-K